幼儿焦虑症有遗传和环境两方面的原因。 因为儿童焦虑症有一个遗传的影响因素。一般遗传的导致的焦虑症， 有些孩子在四个月大的时候就表现出怯懦，他们看到陌生人时可能会畏缩，而且心跳开始加快。这种暂时性的害羞与以后发展至焦虑症相关。
儿童焦虑的原因之一是早期的环境，例如虐待儿童，这是创伤后应激障碍较明显的例子。对离开父母害怕的原因在于生存需要的情感依附。情感依附不牢靠的儿童更可能患上焦虑症，而焦虑或抑郁的父母可能使其孩子感到依附不牢靠。
焦虑症的原因还有这些，某个物体、人或场景与具有内在引起惊恐的事物相关，就会变得令人害怕，这种条件化的学习此后可以扩展至其他物体。通过奖励和惩罚形成的操作制约或学习也促进了焦虑症的继续；比如，在孩子出现焦虑时，父母通过给予更多关心而使他们高兴。
由于恐惧和焦虑仍然是许多其他疾病的症状，对儿童焦虑症的诊断可能更为困难。父母通常对孩子的焦虑症状不敏感，而老师通常会给出有益的看法，因为他们有与很多孩子接触的经历，可以进行比较。在诊断焦虑症之前，重要的是首先要发现孩子是否有足够的理由感到害怕，即导致孩子患上儿童焦虑症的原因。
